Mông Cổ trong thời nhà Thanh được chia thành hai phần chính: Nội Mông (tiếng Mãn: Dorgi) và Ngoại Mông (tiếng Mãn: Tülergi). Điều này ảnh hưởng đến sự chia tách ngày nay của Mông Cổ hiện đại và Khu tự trị Nội Mông của Trung Quốc. Bên cạnh 4 aimag Ngoại Mông và 6 liên minh Nội Mông, cũng có những khu vực rộng lớn như biên giới Khobdo và khu bảo vệ biên giới dọc theo biên giới Nga, nơi chính quyền Thanh quản lý trực tiếp hơn.

Nội Mông[37] 24 Aimags ban đầu của Mông Cổ đã bị xé lẻ và thay thế bằng 49 khoshuus (vùng đất biểu tượng) mà sau đó được tổ chức thành sáu chuulgans. Tám khoshuus của người Chakhar và hai khoshuus của người Tümed quanh Quế Hoa được quản lý trực tiếp bởi chính quyền nhà Thanh.

• Liên minh Jirim
• Liên minh Josotu
• Liên minh Juu Uda
• Liên minh Shilingol
• Liên minh Ulaan Chab
• Liên minh Ihe Juu

Thêm vào đó, vào thời những người kế vị, các liên minh này được kiểm soát trực tiếp bởi hoàng đế nhà Thanh.

• Chakhar 8 khoshuu
• Guihua (Hohhot) Tümed 2 khoshuu

Ngoại Mông

• Khalkha

• Secen Khan aimag 23 khoshuu
• Tüsheetu Khan aimag 20 khoshuu
• Sain Noyon Khan aimag 24 khoshuu
• Zasagtu Khan aimag 19 khoshuu

• Khövsgöl[38]
• Tannu Uriankhai
• Lãnh thổ Kobdo 30 khoshuu
• Ili 13 khoshuu (thuộc Tân Cương ngày nay)
• Khökh Nuur 29 khoshuu (Thanh Hải)
• Tây Hetao Mông Cổ
• Ejine khoshuu (nay là Ejina ở Alxa aimag, Nội Mông)
• Alasha khoshuu (ngày nay ở Alxa aimag, Nội Mông)